Az ÁKK Zrt. egyszemélyes zártkörű részvénytársaságként működik, ahol az Államháztartási törvény alapján az alapítói jogokat az államháztartásért felelős miniszter, jelenleg a nemzetgazdasági miniszter gyakorolja. A társaság ügyvezető szerve az Igazgatóság.

Az ÁKK Zrt. napi munkáját és munkaszervezetét az ÁKK Zrt.-vel munkaviszonyban álló vezérigazgató irányítja és ellenőrzi, a jogszabályok és az Alapító Okirat keretei között, illetve az Alapító és az Igazgatóság határozatainak megfelelően.

Az üzleti vezérigazgató-helyettes irányítása alatt működő szervezeti egységek (front office) alapvető feladata a belföldi és külföldi értékpapír-kibocsátás és hitelfelvétel szervezése és támogatása; a másodpiaci műveletek lebonyolítása; az állampapír-piac figyelemmel követése és fejlesztése; az értékesítési csatornák felügyelete.

Az általános vezérigazgató-helyettes irányítása alatt működő szervezeti egységek (middle és back office) alapvető feladata a finanszírozási és költségvetési tervezés; a forgalmazói rendszer ellenőrzése; makrogazdasági elemzések készítése; az adósságállomány nyilvántartása; az adósággal kapcsolatos műveletek elszámolása.